Keberadaan Muhammadiyah di Kabupaten Brebes dengan  seluruh warganya cukup lama, bahkan lebih lama dibandingkan dengan organisasi keagamaan lainnya. Slogan “Kembali kepada Al Qur’an dan As sunnah” selalu berkumandang disetiap pertemuan, baik pengajian rutin maupun pertemuan-pertemuan lainnya. Namun sampai kini slogan tersebut tetap merupakan slogan yang belum dilaksanakan. Kalaupun ada, yang terlihat hanyalah aktifitas rutin warisan orang tua,  beda tipis dalam pengamalan-pengamalannya dengan organisasi keagamaan lainnya. Selebihnya nyaris sama dlam segala hal.

      Para penyaji  dalam penyelenggaraan pengajian, baik tingkat ranting, cabang  maupun daerah, da’i atau mubalegh yang  tampil orang-orang itu  juga,  dengan tema  yang membosankan karena kurang kesiapan bahan . Kadang-kadang  mengambil  da’i dari luar daerah. Celakanya, alih-alih yang diharapkan adalah dai “Qur’an Sunnah”, sesuai slogan di atas, da’i tersebut  malah mengobok-obok , bahkan memecah belam warga, hingga warga sendiri semakin kebingungan, sebab tidak jelas latar belakang pandangan da’i tersebut. Ada sedikit “stok” mubaligh Muhammadiyah di kabupaten Brebes,namun sangat tidak mencukupi untuk memenuhi kebutuhan 17 cabang se kabupaten Brebes, itupun mutunya masih dipertanyakan. Disamping itu kondisi mubaligh sudah banyak yang lanjut usia. Keadaan seperti ini sangat memprihatinkan. Sepuluh lima belas tahun yang akan datang, Muhammadiyah Brebes akan kehabisan Mubaligh.

       Tidak kalah memprihatinkan, sindiran-sindiran dari kelompok lain, disamping kekurangan mubalig,  kehidupan komunitas Muhammadiyah dirasa sangat  gersang, anggapan kebanyakan dai yang digunakan  di Muhammadiyah adalah da’i karbitan, da’i koran/majalah dan dai yang  gagap “kitab kuning”. Ini adalah sebuah tantangan. Disamping memang kenyataannya demikian, keberadaan Pondok pesantren memang dirasa sangat dibutuhkan untuk menjawab semua tantangan di atas. Semangat bermuhammadiyah bagi para warganya tetap tinggi, semangat keinginan kembali kepada Al Qur’an dan As Sunnah juga tinggi, namun semangat tersebut dirasa harus diimbangi dengan tindakan nyata.  Para orang tua warga Muhammadiyah kabupaten Brebes yang mengambil sikap menyekolahkan putra-putrinya ke luar kabupaten Brebes, untuk dididik agar sepulang dari pendidikan mereka diharapkan akan menjadi mubaligh atau dai di desanya. Masyarakat  berharap agar PDM Kabupatrn Brebes dapat mencetak sendiri kader-kader da’i atau mubaligh

     Mengingat kondisi tersebut diatas itulah, maka Majlis Tablig dan Tarjih PDM Brebes berinisiatif mengajukan usul kepada  Ketua Pimpinan Daerah Muhammadiyah untuk mendirikan pondok pesantren. Maka pada tahun 2012 diangkatlah Bapak Drs,H.Risichin Abdul Ghoni  sebagai Direktur Pondok, yang kemudian pondok tersebut  dinamai “Ponpes Darul Qur’an”. Ponpes Darul Qur’an khusus tahfidz (hafalan Al Qur’an). Santri-santrinya diambil dari siswa SMK Muhammadiyah. Pondok pesantren Darul Qur’an  berjalan hanya 1 tahun. Banyak persoalan  yang dihadapi sehingg hal tersebut nenjadi penyebabnya bubarnya Ponpes tersebut. Majlis Tablegh dan Tarjih beserta Drs.H.Sodik, Drs. H. Imam Sugiharto, MPd H.Sanaji Ma’sus, kemudian mendesak kepada Ketua PDM Brebes, agar Ponpes Muhammadiyah dirintis kembali mengingat kebutuhan diatas. Maka pada awal januari 2013 dikeluarkanlah SK PDM tentang Pelaksana Pondok, diketuai oleh Drs.H.Sodik, beranggotakan antara lain H.Sanaji Ma’sus, Drs. H. Imam Sugiharto, H.Bangun Susilo, Aklif Budiyono, Hj. Chunaisih M.Pd, Kusmanto,M.Pd dengan dewan pondok Kyai Salimuddi, Kyai Drs. H.Munawir, Ustadz Drs.H.Muntadzir Rois.

        Pengurus pelaksana pondok kemudian mengadakan beberapa kali rapat. Pada kali yang ke 12, tercetuslah, bahwa penyelenggaraan pondok tidak murni pondok, tetapi di padukan dengan pendidikn formal. Maka pada hari kamis  tanggal  13 Februari 2014 lahirlah : SMP Muhammadiyah Boarding School kabupaten Brebes berlokasi di desa Klampok Kecamatan Wanasari kabupaten Brebes. Hari Jumat tangga 2 Mei Diresmikannya SMP MBS Kec.Wanasai kab Brebes oleh Bapak Prof.DR.H.Amien Rais, mantan Pimpinan Pusat Muhammadiyah, bersamaan dengan peresmian kantor PCM Wanasari.

          Adapun awal  operasioan SMP MBS ditandai dengan terbitnya SK Kepala Dinas Pendidikan dan kebudayaan kabupaten Brebes Nomor 421.2/0213/2014 tanggal 13 Februari 2014 bersamaan pula dengan terbitnya Sertifikat Pondok / Piagam dari Kantor Kementerian Agama Kabupaten brebes nomor:Kd.11.29/3/4003/Pgm-PP/2014 tentang penyelenggaraan Pondok pesantren. Itulah diantaranya, riwayat singkat berdirinya SMP Muhammadiyah Boarding School ( Pesantren Kh. Mas Mansur Wanasari ) Kabupaten Brebes